Müze, Tuna Nehri kıyısında, Gornji Milanovac Kasabası’na çok uzak olmayan bir konumda yer alır. Binası, arkeolojik buluntular alanını tehlikeye atmadan maksimum görünürlüğünü sağlamak üzere tasarlanmıştır.

İçeri girdikten sonra buranın bir zamanlar Mezolitik kültürün manevi bir merkezi olduğu gerçeğine tanıklık eden yerleşim birimleri, nekropoller ve türbeler gibi 136 kadar yapının kalıntılarını görürsünüz. Müzenin orta kısmında, çeşitli ritüellerin gerçekleştiği geniş bir meydanın kalıntılarını yer alır.

Evlerin holografik rekonstrüksiyonları, tarih öncesi insanların günlük yaşamını canlı bir şekilde tasvir eder. Müze ayrıca o çağda yaşayan insanların geleneklerini daha iyi anlamanıza yardımcı olmak için, Lepenski Vir’deki defin ayinlerinin yeniden inşasını da sergiler.

Sunaklar, uygulamalar, araçlar, mücevher, çömlek ve küçük heykeller gibi 100'den fazla ürün koleksiyonu içeren müzede ayrıca Tuna’nın Lepenski Vir sakinleri için önemli olan balığa benzeyen anıtsal taş heykellerin kopyaları da görüşebilir. Büyük balıklara benzeyen heykellerin orijinalleri ise Belgrad Ulusal Müze’de sergilenmektedir.