Il museo si trova sulla riva del Danubio, non lontano da Donji Milanovac. L'edificio del museo è progettato per fornire un'eccellente visibilità dei reperti archeologici senza mettere in pericolo il sito.
Quando si entra nel museo, si vedono i resti di ben 136 strutture - unità residenziali, necropoli e luoghi di culto. Questo indica che una volta il sito fu anche sede spirituale della cultura mesolitica.
Nella parte centrale del museo si vedono i resti di una grande piazza, dove avevano sede attività rituali.
Ricostruzioni olografiche delle case raccontano vividamente la vita quotidiana delle persone preistoriche. E per capire meglio i costumi della gente di quell’epoca, il museo propone anche ricostruzioni di funerali e tecniche di sepoltura di Lepenski Vir.
L’allestimento di oltre 100 oggetti comprende altari, attrezzi, utensili, gioielli, ceramiche, così come diverse piccole sculture... Qui è possibile vedere anche le repliche di sculture monumentali in pietra, il cui aspetto pesciforme sta a testimoniare il grande significato del Danubio per gli abitanti di Lepenski Vir. Gli originali di grandi sculture pesciformi sono conservati nel Museo Nazionale di Belgrado.